Первые организмы возникли в "первичном бульоне", который содержал ... разных ... молекул.
первый пропуск множества второй видов
Попробуем так: Первые организмы возникли в первичном бульоне,который содержал over9000 Разных молекул, приправленных бульонным кубиком Магги.