1) in time употребляем, когда имеется в виду, что что-то сделалось вовремя, в нужный момент.
Например:
You called me in time. -- Ты вовремя позвонил мне.
2) on time употребляем, когда имеется в виду, что что-то происходит по какому-то распорядку или расписанию.
Например:
The train arrived on time. -- Поезд прибыл вовремя.