По территории государства протекает 6 крупных рек: Рейн (его притоки Майн, Мозель, Рур, Лан, Некар), Эльба, Везер, Эмс, принадлежащие бассейну Северного моря, Одер (впадет в Балтийское море) и Дунай (бассейн Черного моря). Есть судоходный Кильский канал (98 км), соединяющий Северное и Балтийское море. Большинство рек имеют направление течения с юга на север, только Дунай - противоположное. Самые крупные реки располагаются в западной части страны.