Организмы дышат. Животные вдыхают кислород, выдыхают углекислоту. Растения - наоборот. И не только: растения очищают воздух, организмы могут выделять разные вещества, влиять на уровень влажности.
Гидросфера: кто-то её замусоривает, кто-то очищает. Всякие там устрицы очищают, всякие камыши - замусоривают.
Земная кора (Вы уверены, что речь именно о ней?): ну, организмы, умирая и превращаясь в минеральные отложения, составляют её часть.