Его стройные коричневатые стебельки покрыты маленькими темно-зелеными листиками. У кукушкина льна есть мужские и женские растения. На верхушках мужских растений размещаются половые органы (гаметы) - сперматозоиды . У женских растений на верхушках расположены половые органы женской половой клетки - яйцеклетка. На женских растениях развиваются коробочки на длинных ножках, покрытые волосистыми колпачками.